@article { author = {Rahimi, Z and Lohrasebi, A and Ghorbani, M}, title = {Modeling the effect of a electric field on the dynamics of calcium ions in calcium ion channel}, journal = {Iranian Journal of Physics Research}, volume = {18}, number = {4}, pages = {551-558}, year = {2019}, publisher = {Isfahan University of Technology, The Physics Society of Iran}, issn = {1682-6957}, eissn = {2345-3664}, doi = {10.29252/ijpr.18.4.551}, abstract = {Calcium channels are cell membrane proteins that play an important role in control the Ca ion flux through the membrane. In this study, the effect of external constant electric field on the dynamics of calcium ions in a L-type channel, located within a stochastically fluctuating medium, is modeled via the application of the molecular dynamics (MD) simulation method. The obtained results show that application of constant field of 0.03 V/nm did not show significant effect on the ions motion. On the other hand, when the channel is exposed to a constant electric field of strength 0.3 V/nm, the ions directional motion along the applied field is observed. Furthermore, it is found that no net motion is observed when the field direction is changed.}, keywords = {Calcium channel,Electric field,molecular dynamics simulation,Calcium Ion}, title_fa = {مدل‌سازی اثر میدان الکتریکی بر دینامیک یون‌ها‌ی کلسیم درون کانال یونی کلسیم}, abstract_fa = {کانال‌های کلسیم پروتئین‌های غشای سلول هستند که نقش مهمی در کنترل شارش یون‌های کلسیم از میان غشا را بر عهده دارند. در این پژوهش اثر میدان الکتریکی یکنواخت بر دینامیک یون‌های کلسیم درون کانال کلسیم نوع L، که در محیطی آشوبناک قرار دارند، با استفاده از روش‌ شبیه‌سازی دینامیک مولکولی مدل‌سازی می­شود. نتیجه‌های به‌ دست آمده نشان می­دهند که اعمال میدان‌های الکتریکی یکنواخت mV/nm 0.03 تأثیری بر نحوه حرکت یون‌های کلسیم درون کانال ندارند. از طرف دیگر وقتی کانال در معرض میدان الکتریکی یکنواخت mV/nm 0.3 در جهت محور کانال مذکور قرار می­گیرد، حرکت جهتمند یون‌ها در راستای اعمال میدان الکتریکی مشاهده می‌شود. همچنین با معکوس کردن جهت میدان الکتریکی هیچ گونه حرکت‌جهتمندی برای یون‌ها مشاهده نمی‌شود.    }, keywords_fa = {کانال کلسیم,میدان الکتریکی,شبیه‌سازی دینامیک مولکولی,یون کلسیم}, url = {https://ijpr.iut.ac.ir/article_1390.html}, eprint = {https://ijpr.iut.ac.ir/article_1390_416deb91d9dc3e1c6c78b7194444e4d5.pdf} }